El Consejo de Gobierno establece las líneas estratégicas y programáticas de la Universidad y fija directrices para su aplicación en la docencia, la investigación y la gestión de recursos humanos y presupuestarios.
Entre sus funciones se encuentran aprobar su propio reglamento de funcionamiento y los reglamentos de juntas de centro, consejos de departamento e institutos universitarios de investigación.
También aprueba proyectos de planes de estudio y sus modificaciones, la planificación académica de cada curso, los planes de organización docente, la asignación del profesorado y los planes generales de investigación.
Además, interviene en la relación de puestos de trabajo, plazas de personal docente e investigador, propuesta de plazas de nuevo ingreso, administración del patrimonio universitario, proyectos de presupuesto y programación plurianual.
El Consejo de Gobierno elige representantes en el Consejo Social y conoce los nombramientos y ceses de cargos como Gerente, Decanos, Directores de Escuela, Directores de Departamento y responsables de institutos, centros y servicios.
Su composición incluye a la Rectora, la Secretaría General, la Gerencia, los Vicerrectorados, representantes de decanatos y direcciones de escuela, direcciones de departamento, miembros de la comunidad universitaria, estudiantes, personal de administración y servicios y representantes del Consejo Social.